L'Isola della Cona è il cuore della Riserva Naturale Regionale "Foce dell’Isonzo", un’area di circa 2400 ettari ed è situata lungo gli ultimi 15 km del corso dell’Isonzo, che nasce sulle Alpi Giulie, in Slovenia e, dopo un percorso di circa 140 km, sfocia nel golfo di Trieste, fra Monfalcone e Grado.

L’elevato valore biologico dell’area dipende dalla sua collocazione geografica: si tratta dell’area umida più settentrionale del Mediterraneo, situata in un territorio che segna il confine fisico di separazione fra la costa alta e rocciosa del Carso goriziano e triestino e le coste basse e sabbiose padano-venete, con le ampie spiagge di Grado e Marano; è un tassello della complessa struttura lagunare che, comprendendo anche la laguna di Venezia, termina con il delta del fiume Po.